Analisis Filogenetik Kerang Abalon (Haliotis sp.) di Perairan Maluku berdasarkan Sekuen Gen COI
Abstract
Abalon merupakan spesies laut yang memiliki prospek yang cukup baik untuk dikembangkan,mengingat permintaan yang cukup tinggi.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan menggunakan sekuen gen COI sebagai penanda genetik diantara Abalon (Haliotis sp) yang berasal dari 3 lokasi yang berbeda di perairan Maluku, serta beberapa spesies Abalon dari GeneBank. Sampel Abalon diperoleh dari tiga perairan di Maluku, yaitu Desa Hukurila, Desa Seri, Desa Liliboi, masing-masing 2 sampel. DNA sampel diisolasi dan diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Mini Kit. Amplifikasi gen target menggunakan sepasang Primer:COI_F (5’ -TGATCCGGCTTAGTCGGAACTGC-3’) dan COI_R (5’GATGTGTTGAAATTACG GTCGGT-3’). primer mengamplifikasi sekuen gen COI sampel Abalon secara parsial dengan panjang 508 nt. Hubungan kekerabatan diperoleh dari data jarak genetik, similaritas genetic dan pohon filogenetik dengan metode Neighbour-Joining dan model substitusi Tamura Nei (TN 93) berdasarkan hasil uji fit model pada software MEGA v7. Hasil penelitian ini menunjukan adanya hubungan kekerabatan antar enam sampel Abalon asal Maluku. Abalon asal Desa Hukurila memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan Abalon asal Desa Seri daripada Abalon asal Desa liliboi. Abalon asal Desa Hukurila (H1,H2) dan Desa Seri (S2,S1) memiliki tingkat similaritas dan nilai bootstrap 80% dengan Haliotis jacnensis asal South Papua, Pulau Tonga, dengan jarak genetik (0,000 - 0,158`). Desa Liliboi (L2,L1) memiliki tingkat similaritas dan nilai bootstrap 91,91% - 100% dengan Haliotis varia asal Australia, dengan jarak genetic (0,188 – 0191).
Keywords
Full Text:
PDF (Bahasa Indonesia)References
An HS, Lee JW, Hong SW. 2013. Population genetic structure of the Korean Pacific Abalone Haliotis diversicolor supertexta inferred from microsatellite marker analysis. Biochemical Systematics and Ecology. 48:76–84.
Anderson, Gemmy.2003. Marine Science : Abalone Introduction, (Online), Http://Www.Marinebio.Net/Marinescience/06future/Abintro.Html, Diakses Februari 2018
Baranski M, Rourke M, Loughnan S, Austin C, Robinson N. 2006. Isolation and characterization of 125 microsatellite DNA markers in the blacklip Abalone, Haliotis rubra.Molecular Ecology Notes6: 740-746
Cox, K. W. 1962. California Abalone, family Haliotidae. Calif. Fish Game Bull. 118:133. Google Scholar.
Daniarsih, A. 2016. Karakter Biometrik dan Genetik Abalon Haliotis asinina L di Perairan Wilayah Barat dan Timur Indonesia. Tesis. Pasca sarjana , Institut Pertanian Bogor.
Dharmayanti, I.N.L.P. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa. 21(1): 1-10.
Effendie, I., 1997. Metode Biologi Perikanan. Yayasan Dewi Sri Cikurai. Bogor. Hal: 9-20.
Fallu, R. 1991. Abalone farming. Fishing News Books. 196pp.
Gruenthal KM, Burton RS. 2005. Genetic diversity and species identification in the endangered white Abalone (Haliotis sorenseni). Conservation Genetics. 6: 929-939.
Gruenthal K M, Acheson LK, Burton RS. 2007. Genetic structure of natural populations of California red Abalone (Haliotis rufescens) using multiple genetic markers. Marine Biology 152:1237–1248.
Hajibabaei M, Singer G.A.C, Hebert P.D.N, Hickey D.A: DNA barcoding: how it complements taxonomy, molecular phylogenetics and population genetics. Trends in Genetics 2007, 23:167-172
Hamm DE, Burton RS. 2000. Population genetics of black Abalone, Haliotis cracherodii, along the central California coast. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 254: 235–247
Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Shelley, L., & de Waard, J. R. (2003). Biological Identifications Through DNA Barcodes. Proc. R. Soc. Lond., 270.
Hebert, P. D. N., Stoeckle, M.Y., Zemlak, T. S., Francis, C.M. 2003. Identification of Birds through DNA Barcodes. Plos Jurnal. 0020312.
Hebert, PDN., S. Ratnasingham & JR. de Waard. 2003. Barcoding animal life: cytochrome coxidase subunit 1 divergences among closely related species, Proceedings of the Royal Society B. 270(1): S96–S99.
Herlina. 2013. Karakteristik gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada kerang bulu (Anadara antiqulata Linn.) asal Perairan Panimbangan dan Bojonegara, Provinsi Banten (Skripsi). Departemen Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. IPB.
Kamagi, D. 2014. Keragaman Genetik Tarsius sp. Sulawesi Utara berdasarkan gen Cytochrome b dan penyususnan Buku Populer tentang Tarsius. Disertasi. Pascasarjana Universitas Negeri Malang.
Klinbunga, S., Pripue, P., Khamnamtong, N., Puanglarp, N., Tassanakajon, A., Jarayabhand, P., Menasveta, P. 2003. Genetic diversity and molecular markers of the tropical Abalone (Haliotis asinina) in Thailand. Mar Biotechnol5505517
Latuihamallo, M. 2010. Budidaya Abalon. UNPAD PRESS, Bandung.
Levington, J. S. 1995. Marine biology, function, biodiversity, ecology. Oxford. University Press. 420pp.
Liline, S. 2017. Keragaman Genetik Laor (Polychaeta) dari Perairan Maluku dan Pengembangan Monograf tentang Laor. Disertasi. Program studi Pendidikan Biologi, Pascasarjana, Universitas Negeri Malang.
Litaay, M., Agus, R., Ferawati, S., & Rusmidin. 2012. Variasi genetik Abalon tropis Haliotis asinina L. Asal Sulawesi Selatan. ICAI
Norhayatigeo, 2015. Geografi Regional Provinsi Maluku.(online) https://norhayati099.wordpress.com/2015/06/08/geografi-regional-provinsi-maluku/ diakses pada maret 2018.
Setyono DED. 2004. Abalone (Haliotis asinina L): 1 A prospective species for aquaculture in Indonesia. Oseana. 29(2): 25-30.
Setyono, D. E. J. 2006. Reproductives aspects of the tropical Abalone, Haliotis asinina, from Southern Lombok waters, Indonesia. Journal Mar. Res. Indonesia. 30: 1-14
Setyono DED. 2009. Abalon : Biologi dan Reproduksi. Jakarta (ID): LIPI Press: 92p.
Sofyan, A., Shaw, J.R., Birge,W.J., 2006. Metal trophic transfer from algae to a cladocerans and the relative importance of dietary metal exposure. Environ. Toxicol. Chem. 25, 1034–1041.
Ward RD, Zemlak TS, Innes BH, Last PR, Hebert PDN. 2005. DNA barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society. B360: 1887 - 1857.
Wells, F. E. and Bryce, C. W. 2000. Seashells of western Australia. Western Australian Museum. Perth. Australia
Wirdateti, SW. Wulandari., & PC. Kuswandi. 2015. Penanda genetik tarsius (Tarsius spp.) dengan menggunakan gen Cytochrome Oxidase I (COI) DNA Mitokondria (mtDNA) melalui metode sekuensing. Jurnal Biologi Indonesia 11(2): 275-284.
DOI: http://dx.doi.org/10.17977/um061v3i22019p72-79
Refbacks
- There are currently no refbacks.
Copyright (c) 2021 Jurnal Ilmu Hayat
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.