Variasi Sekuen dan Filogenetik Leptocorisa oratorius (Fabricius) di Jawa Timur Berdasarkan Gen COX2

Abstract

Leptocorisa oratorius menyerang tanaman padi hingga menyebabkan gagal panen di Jawa Timur. Strategi pengendalian hama harus disesuaikan dengan jarak genetik, agar tidak menyebabkan resistensi hama akibat penanganan yang tidak tepat pada populasi hama di tempat yang berbeda. Sehingga tujuan penelitian yaitu untuk mengetahui variasi sekuen dan filogenetik hama Leptocorisa oratorius menggunakan gen COX2. Sampel diambil dari Trenggalek, Magetan, Malang, Bondowoso, Gresik dan Mojokerto. Metode penelitian yang digunakan yaitu ekstraksi DNA menggunakan The Wizard Genomic DNA Purification Kit Promega. Amplifikasi gen COX2 dengan primer COX2 Leptocorisa oratorius (F) -5’ ACA AGA TGC AAT ATC CCC TT 3’ dan COX2 Leptocorisa oratorius (R) -5’ TGG TTT AAG AGA CCA ATG CT 3’. Analisis sekuens menunjukkan terdapat perbedaan enambelas pasang basa nukleotida pada urutan sekuens sampel dilokasi yang berbeda. Hasil rekontruksi pohon filogenetik yaitu sampel daerah (Malang, Mojokerto dan Bondowoso) merupakan sampel yang berada pada satu internal klaster, sedangkan sampel (Gresik dan Magetan) memisah dengan sampel lain begitu juga dengan sampel (Trenggalek). Nilai jarak genetik terkecil terbentuk pada populasi hama Mojokerto-Malang, Bondowoso-Malang, Bondowoso-Mojokerto, dan Magetan-Gresik dengan nilai 0.0000 dan jarak genetik terbesar antara populasi hama Gresik-Trenggalek dan Magetan-Trenggalek dengan nilai 0.0190.